【劇情簡介】
　　在很久以後的未來，地面已經被汙染到無法生存的程度，人類開始朝地底開發，並創造人工生命體代為勞動，沒想到人工生命體反抗了人類接管了地底世界，而因為過度汙染與新型態的病毒感染，原已所剩無幾的人類又減損了近30%的人口，此時的人類以基因改造獲得了長生，相對的也面對了自此失去生育能力的窘境，創造新生命成為人類世界復甦的關鍵。為了找尋失落的基因密碼──「繁衍」，人類望向了曾經開發的地底世界開啟了探索任務，同時因學生人數驟減而被舞蹈教室裁員的碰太，參加了地底任務的徵選成為了被派往地底的英雄，隻身前往充滿未知恐懼的地底世界，驚人的地底探險就此開始……

在医院工作的山际辰雄（染谷将太 饰）和悦子（夏帆 饰）是一对恩爱的小夫妻。近一段时间，辰雄时常望着窗外发愣，令妻子分外不安。与此同时，悦子所在的工厂同事浅川美雪（岸井雪乃 饰）出现异样，她声称总在家中看到男性幽灵，但那却是她在世的亲生父亲。悦子将美雪送到丈夫的医院检查，结果发现美雪完全丧失了“家人”的概念。在医院时，悦子还遇到了辰雄的好友真壁医生（东出昌大 饰），而对方给她留下了十分不好的感受。渐渐她发现，辰雄与真壁之间似乎有着某种联系，两人更秘密在进行着什么。　　周围的世界变得越来越古怪，悦子最终发现了一个攸关人类的可怕阴谋。

　　怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻找大地。另一方面，时刻企图将美丽的东西变成宝石据为己有的邪恶外星女魔头穆鲁娜奥，而今正打算把地球变成宝石。与此同时，暗黑军团伽古拉也蠢蠢欲动。地球面临最大的危机……
　　本片在日本国内61块银幕上同时公映，首周初登场观众满意度排名第一位。