剧情的背景其实就是在原著的基础上，做了些科幻式的改编。原著中的黑暗、混沌在这里成了太阳黑子爆发，而原本的一个石猴的问世变成了三颗陨石的陨落和神化。要打败天魔，惟一方法是要某年某月某日某时某刻某分某秒出世的人，由其中一颗陨石的化身护送他到西天取三藏真经。
明末崇祯年间，长平公主（佘诗曼 饰）与昭任公主跟着周后在民间生活，她们不得随意讲起自己的身世，昭仁时时怀念年幼时宫中的美好光景，善良的长平总是变着法子满足姐姐打扮自己的欲望。长平在铸炮坊重遇幼时玩伴周世显（马浚伟 饰），当年周后被贬的真相方才水落石出。母女三人获召回宫，世显亦入宫任教。然而当下局势动荡，世显被荐上战场。相爱的二人无奈再次分离。李自成攻陷京城，明朝灭亡，不久吴三桂又引清兵入关，大清建立。世显与长平虽然劫后重逢，如原成婚，然而他们的内心，早已抱持了一个坚定的信念……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰 饰）、紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验…… 本片根据台湾著名言情小说家琼瑶的同名原著改编。
丁善本（罗嘉良 饰）在6岁时因父母沉船身亡，弟弟不知所踪。后来他被丁荣帮（秦沛 饰）收养，荣邦视善本为己出，把金业生意全盘交给善本打理，本却因养父与犯罪集团勾结而被捕，没想到的是拘捕善本的是他的亲生弟弟钟守康（温兆伦 饰）。 善本在澳洲公干时邂逅了程天蓝（宣萱 饰），此时二人的关系陷入僵局，虽然最后水落石出，但善本的家庭背景阻碍了两人的发展。善本因养父的关系多次与守康发生争执，为了避免影响守康的前途，善本决定不与守康相认。而善本也知道守康一直喜欢天蓝，便决定忍痛与天蓝分手。 义弟丁善行（林峰 饰）受叔叔的挑拨继而认为善本杀害了父亲，无奈之下善本只好把刚走回正道的生意归还给善行。善本渐渐得到守康与天蓝的谅解，却再次卷入了江湖斗争中……
朱恩平（陈松伶 饰）、余子峰（何宝生 饰）和邓乃强（黎耀祥 饰）是从小在一起长大的青梅竹马，三人之间友情非常的坚韧。余子峰情路不顺，屡受失恋的打击，在他一蹶不振的过程中，是朱恩平一直不离不弃的陪伴着他，随着时间的推移，两人之间的友情逐渐转变成为了爱情。然而，这段感情却因为门不当户不对，而遭到了双方家人的强烈反对，但是深深爱着彼此的两人最终还是打破了世俗的桎梏，走到了一起。 然而一波未平一波又起，余子峰家道中落，为了搞钱走上了歪路，最终锒铛入狱，余家也彻底宣告破产。在这绝望的时刻，朱恩平挺身而出成为了余家的顶梁柱，靠着卖水饺，坚韧的闯出了一片新天地。
